Towards a marine sdi: A methodology to allow metadata interoperability

Peer Reviewe

The drift of Modified Atlantic Water from the Alboran Sea to the eastern Mediterranean

The Algerian basin is a region of the western Mediterranean with a highly variable circulation structure, including the eastward transport of Modified Atlantic Water (MAW) in its surface layer. An experiment with satellite tracked Lagrangian drifters was performed in 1996-97 to analyse the mesoscale circulation of the Algerian current. The complete trajectories of 18 drifters indicate that, at basin scale, all the surface flow occured along the coast from the Alboran Sea to the strait of Sicily. At that time, no portion of the inflowing MAW was driven to the central or northern regions.No disponibl

Suspicious liver nodule in chronic liver disease: Usefulness of a second biopsy

PURPOSE: To assess the usefulness of a second biopsy when the first one was inconclusive in patients with a liver nodule found during the follow-up for chronic liver disease. MATERIALS AND METHODS: Among 381 patients (544 nodules) included in a prospective study designed to evaluate the accuracy of imaging for the diagnosis of small hepatocellular carcinoma (HCC) in chronic liver disease, 254 nodules were biopsied. The following histological results were considered as conclusive: HCC, dysplastic or regenerative nodule, and other identified tumors (benign or malignant). For nodules with inconclusive results (e.g. fibrosis or no definite focal lesion), a second biopsy was suggested, but was not mandatory. RESULTS: A total of 242 patients (194 men, 48 women; mean age, 61.9±9.5 [SD]; range: 40.2-89.0years) with 254 nodules underwent a first biopsy. Mean nodule diameter was 19.2±5.4mm (range: 10-33mm). The first biopsy was conclusive in 189/254 nodules (74.4%): 157 HCCs (83.1%), 11 regenerative nodules (5.8%), 10 dysplastic nodules (5.3%), 3 cholangiocarcinomas (1.6%), and 8 other tumors (4.2%). Among the 65 nodules for which the first biopsy was inconclusive, a second biopsy was performed for 17 nodules in 16 patients within 6 months of the first one. It was conclusive in 13/17 nodules (76.5%): 10 HCCs (76.9%), 2 dysplastic nodules (15.4%), and 1 other tumor (7.7%). In 4/17 nodules (23.5%), no definitive diagnosis could be provided. CONCLUSION: The diagnostic yield of a second biopsy of a suspicious lesion suggestive of HCC in chronic liver disease is not decreased compared to the first one. Repeated biopsy after a first negative one could be an alternative option to the follow-up of patients with chronic liver disease

Oestrogen receptor activity in hormone-dependent breast cancer during chemotherapy: ER activity in pre-menopausal HR+ breast cancer during CT

Background: Chemotherapy efficacy in early-stage hormone receptor-positive (HR+) breast cancer (BC) according to menopausal status needs a biological explanation. Methods: We compared early-stage HR+ BC biological features before and after (neo)adjuvant chemotherapy or endocrine therapy (ET), and assessed oestrogen receptor (ER) pathway activity in both pre- and post-menopausal patients. The nCounter platform was used to detect gene expression levels. Findings: In 106 post-menopausal patients with HR+/HER2-negative BC randomized to neoadjuvant chemotherapy or ET (letrozole+ribociclib), a total of 19 oestrogen-regulated genes, including progesterone receptor (PGR), were found downregulated in the ET-based arm-only. We confirmed this finding in an independent dataset of 20 letrozole-treated post-menopausal patients and found, conversely, an up-regulation of the same signature in HR+/HER2-negative MCF7 cell line treated with estradiol. PGR was found down-regulated by 2 weeks of ET+anti-HER2 therapy in pre-/post-menopausal patients with HR+/HER2-positive (HER2+) BC, while anti-HER2 therapy alone increased PGR expression in HR-negative/HER2+ BC. In 88 pre- and post-menopausal patients with newly diagnosed HR+/HER2-negative BC treated with chemotherapy, the 19 oestrogen-regulated genes were found significantly downregulated only in pre-menopausal patients. In progesterone receptor (PR)+/HER2-negative BC treated with neoadjuvant chemotherapy (n=40), tumours became PR-negative in 69.2% of pre-menopausal patients and 14.8% of post-menopausal patients (p=0.001). Finally, a mean decrease in PGR levels was only observed in pre-menopausal patients undergoing anti-HER2-based multi-agent chemotherapy. Interpretation: Chemotherapy reduces the expression of ER-regulated genes in pre-menopausal women suffering from hormone-dependent BC by supressing ovarian function. Further studies should test the value of chemotherapy in this patient population when ovarian function is suppressed by other methods. Funding: Instituto de Salud Carlos III, Breast Cancer Now, the Breast Cancer Research Foundation, the American Association for Cancer Research, Fundació La Marató TV3, the European Union's Horizon 2020 Research and Innovation Programme, Pas a Pas, Save the Mama, Fundación Científica Asociación Española Contra el Cáncer, PhD4MDgrant of “Departament de Salut”, exp SLT008/18/00122, Fundación SEOM and ESMO. Any views, opinions, findings, conclusions, or recommendations expressed in this material are those solely of the author(s

HER2-enriched subtype and pathological complete response in HER2-positive breast cancer: A systematic review and meta-analysis

Background: HER2-positive (HER2+) breast cancer (BC) comprises all the four PAM50 molecular subtypes. Among these, the HER2-Enriched (HER2-E) appear to be associated with higher pathological complete response (pCR) rates following anti-HER2-based regimens. Here, we present a meta-analysis to validate the association of the HER2-E subtype with pCR following anti-HER2-based neoadjuvant treatments with or without chemotherapy (CT). Methods: A systematic literature search was performed in February 2019. The primary objective was to compare the association between HER2-E subtype (versus others) and pCR. Selected secondary objectives were to compare the association between 1) HER2-E subtype and pCR in CT-free studies, 2) HER2-E subtype within hormone receptor (HR)-negative and HR+ disease and 3) HR-negative disease (versus HR+) and pCR in all patients and within HER2-E subtype. A random-effect model was applied. The Higgins’ I2 was used to quantify heterogeneity. Results: Sixteen studies were included, 5 of which tested CT-free regimens. HER2-E subtype was significantly associated with pCR in all patients (odds ratio [OR] = 3.50, p < 0.001, I2 = 33%), in HR+ (OR = 3.61, p < 0.001, I2 = 1%) and HR-negative tumors (OR = 2.28, p = 0.01, I2 = 47%). In CT-free studies, HER2-E subtype was associated with pCR in all patients (OR = 5.52, p < 0.001, I2 = 0%) and in HR + disease (OR = 4.08, p = 0.001, I2 = 0%). HR-negative status was significantly associated with pCR compared to HR + status in all patients (OR = 2.41, p < 0.001, I2 = 30%) and within the HER2-E subtype (OR = 1.76, p < 0.001, I2 = 0%). Conclusions: The HER2-E biomarker identifies patients with a higher likelihood of achieving a pCR following neoadjuvant anti-HER2-based therapy beyond HR status and CT use. Future trial designs to escalate or de-escalate systemic therapy in HER2+ disease should consider this genomic biomarker

Visualización de series temporales oceanográficas mediante servicios SOS

IX Jornadas Ibéricas de Infraestructuras de Datos Espaciales, Mejorando el Intercambio de Datos Espaciales para proteger la Biosfera, 17-19 October 2018, Menorca.-- 22 pagesLa duración de los proyectos científicos (media de 3 años) supone una limitación para obtener largas series temporales que son imprescindibles para alcanzar un buen conocimiento de los procesos oceanográficos. Las estaciones marinas permanentes, como el Observatorio Marino Costero (COO) del ICM-CSIC, hacen posible la obtención de mediciones de parámetros oceanográficos a largo plazo. Desde abril de 2002, se realiza una campaña oceanográfica mensual, para obtener medidas de temperatura, salinidad, turbidez, fluorescencia y presión, en nueve puntos a lo largo de dos perfiles perpendiculares a la costa frente a la ciudad de Barcelona. Las especificaciones definidas por la tecnología Sensor Web Enablement (SWE) del Open Geospatial Consortium (OGC) permiten la estandarización de datos adquiridos por sensores. En concreto, Sensor Observation Service (SOS) es la que establece la descripción de las observaciones y de los sensores. En éste proyecto se han valorado dos tecnologías que permiten implementar un sistema SOS: el SOS de 52° North y el de istSOS. Su uso y comparación muestran la necesidad de mejorar estas tecnologías para que sean más amigables. La estandarización de los datos facilita su visualización con herramientas muy útiles para un primer análisis e interpretación oceanográfica. Concretamente, se han estudiado las herramientas de visualización: cliente antiguo de 52° North, el nuevo desarrollado por Paul Breen del British Antarctic Survey (BAS) y el cliente integrado en istSOS. La estandarización de los datos supone un gran esfuerzo que queda compensado por la interoperabilidad que se consiguePeer Reviewe

Visualization of oceanographic time series through SOS services

IX Jornadas Ibéricas de Infraestructuras de Datos Espaciales (Parte I), Mejorando el Intercambio de Datos Espaciales para proteger la Biosfera, 17-19 October 2018, Menorca.-- 10 pages, 11 figures[EN] The duration of scientific projects (average of 3 years) is a limitation to obtain the long time series that are essential to achieve a good knowledge of oceanographic processes. Permanent marine stations, such as the Coastal Ocean Observatory (COO) of the ICM-CSIC, enable to record measurements of oceanographic parameters in the long term. Since April 2002, a monthly oceanographic cruise has been collecting temperature, salinity, turbidity, fluorescence, and pressure measurements at nine points along two perpendicular profiles in front of Barcelona city. The specifications defined by the Sensor Web Enablement (SWE) technology of the Open Geospatial Consortium (OGC) allow the standardization of the data acquired by the sensors. Specifically, Sensor Observation Service (SOS) establishes the description of the observations and the sensors. Two technologies have been evaluated allowing the implementation of a SOS system concluding that it is necessary to improve them to be more user-friendly. The standardization of the data facilitates its visualization with very useful tools for a first analysis and oceanographic interpretation. This standardization supposes a great effort that is compensated by the interoperability that is achieved[ES] La duración de los proyectos científicos (media de 3 años) supone una limitación para obtener largas series temporales que son imprescindibles para alcanzar un buen conocimiento de los procesos oceanográficos. Las estaciones marinas permanentes, como el Observatorio Marino Costero (COO) del ICM-CSIC, hacen posible la obtención de mediciones de parámetros oceanográficos a largo plazo. Desde abril de 2002, se realiza una campaña oceanográfica mensual, para obtener medidas de temperatura, salinidad, turbidez, fluorescencia y presión, en nueve puntos a lo largo de dos perfiles perpendiculares a la costa frente a la ciudad de Barcelona. Las especificaciones definidas por la tecnología Sensor Web Enablement (SWE) del Open Geospatial Consortium (OGC) permiten la estandarización de datos adquiridos por sensores. En concreto, Sensor Observation Service (SOS) es la que establece la descripción de las observaciones y de los sensores. En éste proyecto se han valorado dos tecnologías que permiten implementar un sistema SOS: el SOS de 52° North y el de istSOS. Su uso y comparación muestran la necesidad de mejorar estas tecnologías para que sean más amigables. La estandarización de los datos facilita su visualización con herramientas muy útiles para un primer análisis e interpretación oceanográfica. Concretamente, se han estudiado las herramientas de visualización: cliente antiguo de 52° North, el nuevo desarrollado por Paul Breen del British Antarctic Survey (BAS) y el cliente integrado en istSOS. La estandarización de los datos supone un gran esfuerzo que queda compensado por la interoperabilidad que se consiguePeer Reviewe

Estudio de la información aportada por las imágenes radar ERS-1.SAR.PRI a las TM para la identificación de cultivos

La riqueza textural de las imágenes radar puede ser una valiosa ayuda para la identificación de cultivos, normalmente llevada a cabo mediante imágenes de sensores ópticos como el 1M. Se ha rea1iz200 un estudio de la información añadida por la imagen SAR.PRI al conjunto multiespectral TM a partir del análisis de las componentes principales de una escena de superficie agraria de Aragón. La terrera componente principal es prácticamente igual a la imagen radar, y representa un 14% del total de la variabilidad del conjunto de imágenes TM/SAR, un va1or similar al de la segunda componente principal, dominada por el infrarrojo cercano. Asimismo, la correlación de la imagen SAR con las bandas TM es muy baja, indicando una aportación de información potencialmente original. Esta baja correlación no es causada ni por una relación no lineal ni por el speckle del radar. La evaluación de la relevancia de esta información aportada por el radar en el caso concreto de la discriminación de cultivos se lleva a cabo actualmente. Con este fin se ha procedido a segmentar la imagen TM y nos proponemos añadir estadísticos calculados a partir de la imagen SAR a 1os calculados a partir de las bandas TM en un proceso de análisis discriminante de las facetas resultantes de la segmentación. Esperamos aumentar la significación del análisis discriminante y la calidad de la cartografía derivada de éste gracias a la información textural aportada por el SAR

Visualización de series temporales oceanográficas mediante SOS.js

9as Jornadas SIG Libre, 25 de marzo de 2015, Girona.-- 11 pages, 9 figuresLa duración de los proyectos científicos (media de 3 años) supone una limitación para obtener largas series temporales que son imprescindibles para alcanzar un buen conocimiento de los procesos oceanográficos. La existencia de estaciones marinas permanentes, como el Observatorio Marino Costero (COO) del ICM-CSIC, hace posible la obtención de estas mediciones a largo plazo de diversos parámetros oceanográficos. Desde abril de 2002, se realiza una campaña oceanográfica mensual, para obtener una serie temporal de datos en la costa frente a la ciudad de Barcelona. Con el fin de visualizar estas observaciones se utiliza la tecnología Sensor Web Enablement (SWE) del Open Geospatial Consortium (OGC) que ha definido especificaciones para estandarizar datos generados por sensores. Dentro del conjunto de estas especificaciones, Sensor Observation Service (SOS) ha sido útil para describir las observaciones y los sensores de una manera estándar. Para la visualización de los datos hemos utilizado el cliente SOS.js desarrollado por Paul Breen del British Antarctic Survey (BAS) y el SOS 1.0 TestClient v2 de 52º North como cliente-servidor SOS. El desarrollo del sistema resuelve la complejidad inherente al uso de estas especificaciones debida a la falta de herramientas ágiles a la hora de la publicación y actualización de los datos. La aplicación de estas herramientas de visualización ha demostrado su utilidad en el análisis e interpretación de procesos oceanográficos. La estandarización de los datos supone un gran esfuerzo que queda compensado por la interoperabilidad que se consiguePeer Reviewe

Towards a marine sdi: A methodology to allow metadata interoperability

Peer Reviewe